Principal Investigator: Tomàs Marquès-Bonet Principal Investigator: Tomàs Marquès-Bonet


Research lines Research lines

Our main line of research is centered on the discovery of the extent of all kinds of genome variation within phenotypically different genomes. Specifically, we study genome variation (centered on CNVs), gene expression and epigenetic differences in the human species in the context of great ape evolution and other mammalian genomes such as canids. Our goal is to create an integrated view of genome evolution by studying changes in the composition, frequency, size and location at every major branch point of recent human evolution.

Genomic variation in ape genomes

Characterizing the variation of thousands of human genomes is standard today. However, primates (our closest relatives) are the ideal set of species for studying the evolution of these features from both mechanistic and adaptive points of view. In this line of research, we use genomic approaches in humans and primates to understand the impact of variants in the evolution of every species to provide a proper perspective to the differences among species.

Epigenetics and transcriptomics of non-human primates

DNA methylation is an epigenetic modification involved in regulatory processes such as cell differentiation during development, X-chromosome inactivation, genomic imprinting and susceptibility to complex disease. However, the dynamics of DNA methylation changes between humans and their closest relatives is still poorly understood. In this project, we evaluate methylation patterns in recent human evolution. We identified a significant positive relationship between the rate of coding variation and alterations of methylation at the promoter level.

Canid evolution

The domestic dog has been widely recognized as an important organism for studying the relationship between selection, genome variation and phenotypic diversity. Both dogs and wolves have been extensively surveyed using mtDNA, microsatellites and SNPs,  but structural variation, including variation in multicopy gene families, has not been fully characterized in canines.


Lab website: Comparative Genomics Lab

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Principal Investigator Principal Investigator

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Publications since 2011 Publications since 2011

Warren, W.C.; García-Pérez, R.; Xu, S.; Lampert, K.P.; Chalopin, D.; Stöck, M.; Loewe, L.; Lu, Y.; Kuderna, L.; Minx, P.; Montague, M.J.; Tomlinson, C.; Hillier, L.W.; Murphy, D.N.; Wang, J.; Wang, Z.; Garcia, C.M.; Thomas, G.C.W.; Volff, J.N.; Farias, F.; Aken, B.; Walter, R.B.; Pruitt, K.D.; Marques-Bonet, T.; Hahn, M.W.; Kneitz, S.; Lynch, M.; Schartl, M. (2018) Clonal polymorphism and high heterozygosity in the celibate genome of the Amazon molly. Nature Ecology and Evolution. 2(4):669-679 doi: 10.1038/s41559-018-0473-y

Hernandez-Rodriguez, J.; Arandjelovic, M.; Lester J.; de Filippo, C.; Weihmann, A.; Meyer, M.; Angedakin, S.; Casals, F.; Navarro, A.; Vigilant, L.; Kühl, H.S.; Langergraber, K.; Boesch, C.; Hughes, D.; Marques-Bonet, T. 2018. The impact of endogenous content, replicates and pooling on genome capture from faecal samples. Molecular Ecology Resources. 18(2):319-333 doi: 10.1111/1755-0998.12728

de Valles-Ibáñez, G.; Esteve-Solé, A.; Piquer, M.; González-Navarro, E.A.; Hernandez-Rodriguez, J.; Laayouni, H.; González-Roca, E.; Plaza-Martin, A.M.; Deyà-Martínez, Á.; Martín-Nalda, A.; Martínez-Gallo, M.; García-Prat, M.; del Pino-Molina, L.; Cuscó, I.; Codina-Solà, M.; Batlle-Masó, L.; Solís-Moruno, M.; Marquès-Bonet, T.; Bosch, E.; López-Granados, E.; Aróstegui, J.I.; Soler-Palacín, P.; Colobran, R.; Yagüe, J.; Alsina, L.; Juan, M.; Casals, F. (2018) Evaluating the genetics of common variable immunodeficiency: Monogenetic model and beyond. Frontiers in Immunology. 9(MAY):636 doi: 10.3389/fimmu.2018.00636

De Manuel, M., Shiina, T., Suzuki, S., Dereuddre-Bosquet, N., Garchon, H.-J., Tanaka, M., Congy-Jolivet, N., Aarnink, A., Le Grand, R., Marques-Bonet, T., Blancher, A. 2018. Whole genome sequencing in the search for genes associated with the control of SIV infection in the Mauritian macaque model /631/208 /631/208/205 /631/208/205/2138 /45 /45/43 article. Scientific Reports. 8(1):7131 doi: 10.1038/s41598-018-25071-x

Zeli Zhang;Qinyong Gu;Marc de Manuel Montero;Ignacio G. Bravo;Tomas Marques-Bonet;Dieter Häussinger;Carsten Münk 2017. Stably expressed APOBEC3H forms a barrier for cross-species transmission of simian immunodeficiency virus of chimpanzee to humans. PLoS Pathogens. 13(12):e1006746

Ongoing projects Ongoing projects

In the media In the media

21st March 2018: Un proyecto intentará clonar el rinoceronte blanco del norte para evitar su extinción, El Periódico, with comments of Tomàs Marquès-Bonet, principal investigator at IBE

23rd February 2018 - Ya no quedan caballos salvajes en el mundo, with comments of Tomàs Marquès-Bonet, principal investigator and director of the IBE

18th November, 2017. VCN. "¿Por qué Copito de Nieve era blanco?" (mentions Tomàs Marquès-Bonet and Jaume Bertranpetit).

On the publication of the paper Nater, A. et al (2017). Morphometric, behavioral, and genomic evidence for a new orangutan species, with the participation of Tomàs Marquès-BonetCurrent Biology. DOI:10.1016/j.cub.2017.09.047 

6th November 2017:

"Una nueva especie de orangután descubierta en Sumatra está casi extinta", Noticias de la Ciencia y la Tecnología


4th November 2017:

"Descoberta a Sumatra una nova espècie de gran simi", ARA Ciència


3rd November 2017:

"Hallada una nueva especie de orangután en Indonesia", El País

"Descubren en Sumatra una nueva especie de orangután", El Mundo

"Una nueva especie de orangután descubierta en Sumatra está casi extinta", Agencia SINC

"Descrita una nueva especie de orangután en Sumatra", La Vanguardia

"El orangután descubierto «in extremis»", La Razón

"El tercer orangután", El Periódico Extremadura

"El tercer orangután", El Periódico Aragón

"Describen una nueva especie de orangután en sumatra, el séptimo gran simio de la tierra", El Economista

"Describen una nueva especie de orangután en sumatra, el séptimo gran simio de la tierra",

"Descobreixen una població d'orangutans fins ara desconeguda", CCMA - Portal 324

"Identifican una nueva especie de orangután en Sumatra", Wikinoticias

"Una nueva especie de orangután descubierta en Sumatra está casi extinta", El Espectador

"Descubierta una nueva especie de orangután", MadrI+D

"Hallan una  nueva especie de orangután", Ambientum

"El orangután Tapanuli está en peligro de extinción", El digital de Asturias

"Identifican otra especie de orangután en Sumatra", Últimas Noticias

"Descubren, casi ya extinta, una nueva especie de orangután", Asturias Mundial

"Una nueva especie de orangután descubierta en Sumatra está casi extinta", TecnoXplora

"Peligro de extinción de una gran especie de simios", Catalunya Vanguardista


2nd November 2017:

"Científics catalans participen en el descobriment d'una nova espècie d'orangutan"Catalunya Ràdio

"Una tercera espècie d'orangutan recentment identificada eleva a set les espècies vives de grans simis",

"Identificada una nueva especie de orangután en Sumatra", Diario de León

"Identificada una nueva especie de orangután en Sumatra", La crónica de Badajoz

"Identificada una nueva especie de orangután en Sumatra", Diario de Córdoba

"Identificada una nueva especie de orangután en Sumatra", El Periódico

"Descubierta una nueva especie de orangután", ABC

"Los Tapanuli, una nueva población de orangutanes", National Geographic

"Descubren en Sumatra un nuevo tipo de orangután hasta ahora desconocido", Antena3